Gründer des Mozartchors Augsburg war Manfred Luther (1928-1996), Spross einer Musikerfamilie, lange Jahre Chefdirigent an Opernhäusern in der Türkei, nach seiner Rückkehr erster Kirchenmusiker bei der neu erbauten Zwölf-Apostel-Kirche in Augsburg, 1976 gründete er den Mozartchor, um mit diesem Klangkörper große Werke der Chorliteratur einzustudieren.
Josef Hauber, Chordirektor an der Basilika St. Ulrich und Afra, Augsburg, setzte in der Zeit von 1989 bis 1995 diese Tradition fort, u.a. mit W. A. Mozarts „Requiem“, Joseph Haydns „Schöpfung“ und den „Zigeunerliedern“ von J. Brahms. Gemeinsam mit dem Ulrichschor erarbeitete er die Uraufführung der „Ulrichsvesper“ von Peter Kiesewetter. Mit Mozarts „Davidde penitente“ trat der Chor bei den Chortagen Neuss auf.
Unter Haubers Nachfolger Stefan Saule, seinerzeit Kirchenmusiker in St. Georg, Augsburg, fanden in dieser Kirche bis Juli 2000 viel beachtete Aufführungen statt , u.a. von Michael Haydns „Chiemsee-Messe“ und Louis Viernes „Messe Solennelle“. Ein nicht-sakrales Highlight war das Opern- und Operettenkonzert im Kleinen Goldenen Saal.
Ludwig Schiller, langjähriger Kirchenmusiker bei St. Moritz, übernahm den Mozartchor im Oktober 2000. Unter seiner Leitung führte der Chor anlässlich seines 25jährigen Bestehens in einem Festkonzert W. A. Mozarts c-moll-Messe auf.
Von 2003 bis 2009 war Moritz Hopmann Leiter des Mozartchors. Als Chorregent und Organist bei St. Georg etablierte er die Augsburger Mozartkirche sozusagen als „Hauskirche“ des Chores. Dabei machte er sich um die Wiederbelebung einiger selten zu hörenden Werke verdient, wie des Requiems von Anton Bruckner, des Oratoriums „Der Tod Jesu“ von Carl Heinrich Graun (1703-1759), einer Messe von Karl Ditters von Dittersdorf (1739 -1799) und, als Höhepunkt, der „Petite Messe Solennelle“ von Gioachino Rossini. Daneben veranstaltete der Chor unter seiner Leitung auch heitere weltliche Chorkonzerte, z.T. außerhalb Augsburgs, wie die sommerlichen Serenaden in Krumbad und Elmischwang.
Seit 2009 leitet Daniel Böhm den Mozartchor
Er verschob den Programmschwerpunkt von der reinen Sakralmusik auch auf weltliche Werke und Musik des Namenpatrons W.A. Mozart (z.B. Händels Oper “Acis und Galatea” in der Fassung W.A. Mozarts, Benefizkonzert für Haiti 2010, „Frühlingsnacht” 2012, jeweils im Kl. Gold. Saal). Mehrere Operngalas im Kurhaus mit einer starken Gewichtung auf den Bühnenwerken Mozarts bildeten eine neue Marke im Profil des Chores. Vermehrt konzertierte der Chor nun auch im schwäbischen Raum, unter anderem in der Schlosskirche Babenhausen, im Kaisersaal Wettenhausen sowie mehrfach in der Stiftskirche des Esterhazy-Schlosses Edelstetten. Dabei kamen so unterschiedliche Programme wie englische Weihnachtsmusik oder Haydns Nelsonmesse zur Aufführung.
Mit der Liedertafel Babenhausen kam es im vergangenen Jahr zur Aufführung von Otto Jochums Frühwerk „Totentanz” in Babenhausen und Augsburg (November 2015). Eine heitere „Mozartiade” mit vielen prominenten Künstlern fand zum Beginn des 40jährigen Chorjubiläum im Februar 2016 im Rokokosaal der Regierung von Schwaben statt. Mit der Aufführung der Carmina Burana schließt sich der Kreis der Jubiläumsfeierlichkeiten.